Чебаркульский военный санаторий основан в 1936 году, как Дом отдыха Уральского военного округа. С июля 1941 г. по весну 1943 г. в нем проживали 50 семей офицерского состава Генерального штаба Красной Армии. 18 июня 1943 г.
Исполнительный комитет Челябинского областного совета Депутатов трудящихся принял решение, в соответствии с которым 25 июня 1943 г. на базе дома отдыха открылся детский оздоровительный санаторий на 100 мест по линии ВЦСПС.
23 февраля 1945 года Директивой Генерального штаба Красной Армии детский санаторий был преобразован в Чебаркульский военный санаторий.
С 01.06.2009г санаторий развернут в соответствии с указаниями Генерального штаба ВС РФ № 314/6/1049 от 17.03.09г., Главного Военно-медицинского управления МО РФ N 161/1/1/2156 от 07.04.2009г. на 200 коек по штату N 27/134-52 (02).
С 06 мая 2011 года санаторий преобразован в Филиал «Санаторий «Чебаркульский» Федерального бюджетного учреждения «Санаторно –курортного комплекса «Приволжский» Министерства Обороны Российской Федерации на основании п.2 приказа МО РФ №1804 от 15.12.2010г.
В соответствии с Директивой ГШ ВС РФ №314/6/2107 от 20.05.2011г. санаторий переведён на штат №27/328 с 6.10.2011 на 200 коек.
13.06.2012 года Федеральное бюджетное учреждение «Санаторно –курортный комплекс «Приволжский» Министерства Обороны Российской Федерации реорганизован в Федеральное государственное казённое учреждение «Санаторно –курортный комплекс «Приволжский» Министерства Обороны Российской Федерации.
01.01.2018 года Федеральное государственное казённое учреждение «Санаторно –курортный комплекс «Приволжский» Министерства Обороны Российской Федерации реорганизовано в Федеральное государственное бюджетное учреждение «Санаторно –курортный комплекс «Приволжский» Министерства Обороны Российской Федерации.